Po fermentácii by sa mali fermentačné aldehydy spracovať. Pri povrchovej fermentácii by sa uzáver mal ihneď oddeliť od fermentačnej kvapaliny a potom by sa uzáver a plytká miska mali umyť malým množstvom vody a fermentačná kvapalina a umývacia voda by sa mali spojiť. Kyselina citrónová v tuhom kvasení by sa mala vylúhovať vodou, teplota vody 80 stupňov, 2 až 3-krát vylúhovať, namočiť a spojiť. Fermentovaná kyselina sa filtruje kalolisom a filtrát a premývacia voda sa spoja a vháňajú do nádrže na filtrát. Kyselina citrónová reaguje s vápenatými soľami a vápenatými zásadami za vzniku citranu vápenatého, ktorý sa vyzráža z kvapalnej fázy a oddelí sa od rozpustných nečistôt. Ak kyselina obsahuje viac kyseliny šťaveľovej, môže sa vyzrážať v horúcom neutralizačnom roztoku pod hodnotou pH 3, takže sa najskôr oddelí šťavelan. Neutralizačný koncový bod sa testuje pomocou presného testovacieho papierika a hodnota pH sa udržiava na hodnote 6.{10}}~6,8. Mieša sa pri teplote asi 85 stupňov počas 30 minút, aby sa úplne vyzrážal síran vápenatý, prefiltruje sa. Citran vápenatý s hydrolýzou kyselinou sírovou, podľa obsahu kyseliny citrónovej v roztoku na stanovenie množstva kyseliny sírovej, spravidla prebytok kyseliny sírovej nie je väčší ako 0,2 percenta. Po kyslej hydrolýze sa kyselina odfiltruje. Čistenie roztoku kyseliny citrónovej odstraňuje pigment, koloid, katión kovu, ako je ión železa, vápenatý ión, ión medi, ión horčíka a aniónové nečistoty, ako je síranový ión, adsorpčným odfarbovaním a výmenou iónov.
Čistenie sa väčšinou vykonáva na chromatografickej kolóne, odfarbeným uhlíkom je granulovaný uhlík GH{0}} a iónovou živicou je živica Yin a Yang. Koncentrácia čistiaceho roztoku kyseliny citrónovej je len 20 percent až 25 percent a kryštalizáciu je možné uskutočniť len vtedy, ak je koncentrovaný na viac ako 70 percent. Teplota koncentrácie nemôže byť príliš vysoká, aby sa kyselina citrónová nerozkladala, zahusťovanie čistiacej kvapaliny sa môže uskutočňovať pod negatívnym tlakom, aby sa ušetrila energia, možno použiť výparník s dvojitým alebo trojitým účinkom. Zahusťovanie sa uskutočňuje v dvoch fázach. Po prvom zahustení sa vloží do usadzovacej nádrže na uchovanie tepla a usadzovanie a potom sa väčšina sadry odstráni. Druhá koncentrovaná kvapalina obsahovala asi 80 percent kyseliny citrónovej, ktorá sa včas uvoľnila a vykryštalizovala. Druhá koncentrácia môže byť zdvihnutá alebo doskovým výparníkom, aby sa skrátil čas kontaktu medzi privádzanou kvapalinou a tepelným médiom, čo môže zlepšiť kvalitu produktu. Rôzne kryštalizačné metódy môžu získať rôzne produkty, kryštalizácia monohydrátu kyseliny citrónovej je 80 percentný roztok, teplota je 55 stupňov, prirodzené chladenie za miešania v kryštalizátore, keď teplota klesne na 40 stupňov, pridá sa kryštálové zárodky a začína kryštalizácia, kontrolná teplota nepresahuje 36 stupňov, v tomto čase je produktom monohydrát kyseliny citrónovej; Ak sa roztok zahustí na 83 percent pri 60 °C, ochladí sa na 46 °C a pridá sa k zárodku, teplota sa udržiava na 40 až 60 °C, aby pomaly kryštalizoval, a nakoniec sa zníži na 38 °C, produkt je bezvodý. kyselina citrónová. Kryštalická komerčne dostupná kyselina citrónová sa získava oddelením a odstredením kryštalickej pasty.